「週刊少年ジャンプ」連載の堀越耕平による人気コミックを原作とする大ヒットアニメ「僕のヒーローアカデミア」の劇場版第2弾。
ある雪の夜。ヒーロー社会を壊そうともくろむヴィラン・死柄木弔たちが、密かに「何か」を運ぼうとしていた。彼らの不穏な動きを掴んだプロヒーローたちが現場に駆けつけ、激しい戦いを繰り広げる中、その「何か」は仲間とともに去って行った。同じ頃、出久ら雄英高校ヒーロー科1年A組の生徒たちは、ナンバーワンヒーロー・オールマイトの跡を継ぐ「次世代のヒーロー育成プロジェクト」の一環として、日本のはるか南に位置する那歩島へやって来る。
そこへ突如として謎のヴィランたちが襲来し、次々と島の施設を破壊していく。出久たちは力を合わせて立ち向かうが、敵を率いる「ナイン」の個性と力は想像を遥かに超えるものだった。