1942年、ナチス占領下のフランス・ピレネー山脈の麓の小さな村に住む、13歳の少年・ジョーは、生活の大半を羊飼いとして過ごしていた。ある日ユダヤ人・ベンジャミンと出会う。彼は秘密裏にユダヤ人の子どもたちを安全なスペインへ逃がすという危険な計画を企てていた。ジョーはこの計画を手伝うことになる。かたやジョーは個人的な悲しみの感情を共有することで、ドイツ軍の下士官と親しくなっていた。ドイツの労働収容所から帰国したジョーの父親は荒れていたが、ジョーのユダヤ人救出作戦への関与が明らかになると協力を約束する。村人たち一丸となって子どもたちを逃す日が迫ってくるが、ベンジャミンが待つ娘アーニャは来ない。救出作戦は成功するのか…アーニャは村に現れるのか…