風間くんに誘われ、全寮制の超エリート校・私立天下統一カスカベ学園で1週間の体験入学をすることになったしんのすけたち。体験入学での成績が正式入学への足掛かりになると知り、風間くんはみんなで入学できるようにと張り切る。だが、そんな彼が尻に奇妙なかみ跡をつけられた姿で発見され、目覚めると真面目で頭脳明晰（めいせき）だった以前とは真逆の人間になってしまっていた。しんのすけたちは学園の落ちこぼれ生徒会長・阿月チシオとカスカベ探偵倶楽部を結成し、事件を捜査する。