地球が滅亡の危機を迎えている、2242年。人類が居住可能な新天地ニューアースに向け、5,000万人の富裕層を乗せた宇宙船が地球から飛び立つ。船内は元軍人と現役兵士らが管理しており、ノア（コディ・カースリー）は労働従事を条件に潜り込むことに成功する。クレイ（ブルース・ウィリス）のもとで働くなか、船内で人の手によるものとは思えない殺人が起きる。正体不明の“何か“に人間が次々と侵食されていく中、クレイやノアたちは真相を追い求める。