NIPPON、開化の時――――
世界最大のスポーツの祭典「WSG -ワールド・スポーツ・ゲームス-」の記念すべき東京開催を迎えようとしている日本。その開会式に合わせて、日本の技術を総結集した、最高時速 1,000 kmを誇る「真空超電導リニア」が新名古屋駅と東京に新設される芝浜駅間に開通することが発表された。

ただならぬ修羅の場――――
世界からの注目を集める中、名だたる大会スポンサーが集うパーティー会場で突如事件が発生! 企業のトップが相次いで拉致されてしまう異常事態に。その裏には事件を監視する赤井秀一の姿、そして赤井からの指令を待つ FBIの姿があった。

鳴り始める復讐の鐘――――
コナンの推理により、15 年前にアメリカのボストンで起きた忌まわしき WSG 連続拉致事件との関連性が浮かび上がり、当時の事件も FBI の管轄だった事が判明する。果たしてこれは偶然なのか? 世界中から大勢の人々が集まる日本で、一体何が起ころうとしているのか?

危険な秘密を纏う“赤井一家(ファミリー)”集結の時―――!
“日本を貫く弾丸(ジャパニーズブレッド)”真空超電導リニア、起動!
決して止めることのできない哀しみの連鎖が今、加速する。