“人斬り抜刀斎”の異名で知られた緋村剣心（佐藤健）は、日本転覆を企てた志々雄真実と死闘を繰り広げた後、神谷道場でのどかに生活していた。あるとき、東京の中心部を何者かが連続して攻撃し、剣心と仲間たちにも危険が及ぶ。その事件は、剣心の過去と頬に刻まれた十字傷の謎に関わっていた。