謎の巨大生物「禍威獣（カイジュウ）」が次々に現れ、その存在が日常となった日本。通常兵器が全く通用せず事態が長期化する中、政府は禍威獣対策の専従組織・通称「禍特対（カトクタイ）」を設立する。田村君男（西島秀俊）を班長に、さまざまな分野のスペシャリストから成るメンバーが任務に当たる中、銀色の巨人が突如出現。巨人対策のため、禍特対には分析官・浅見弘子（長澤まさみ）が新たに配属され、作戦立案担当官・神永新二（斎藤工）と組む。