次々と巨大不明生物【禍威獣(カイジュウ)】があらわれ、その存在が日常となった日本。
通常兵器は全く役に立たず、限界を迎える日本政府は、禍威獣対策のスペシャリストを集結し、
【禍威獣特設対策室】通称【禍特対(カトクタイ)】を設立。
班長・田村君男（西島秀俊）、作戦立案担当官・神永新二（斎藤工）、非粒子物理学者・滝　明久（有岡大貴）、汎用生物学者・船縁由美（早見あかり）が選ばれ、任務に当たっていた。
禍威獣の危機がせまる中、大気圏外から突如あらわれた銀色の巨人。
禍特対には、巨人対策のために分析官・浅見弘子（長澤まさみ）が新たに配属され、
神永とバディを組むことに。
浅見による報告書に書かれていたのは・・・【ウルトラマン(仮称)、正体不明】。