ジャングルの奥地にあるオコヤの森は、よそ者が足を踏み入れることを決して許さない、厳しいおきてで守られたポケモンたちの楽園だった。ここでサトシとピカチュウは、ココという少年に出会う。幻のポケモン・ザルードに育てられたココは、自分のことをポケモンだと信じていた。そして、オコヤの森にポケモンと人間、そして親子の愛が試される危険が迫る。