第二次ネオ・ジオン戦争（シャアの反乱）から12年後のU.C.0105。腐敗が進んだ地球連邦政府が民間人を宇宙に連行する“人狩り”を強行する中、地球連邦軍大佐ブライト・ノアの息子ハサウェイ・ノアが指揮する反地球連邦政府組織の「マフティー」は、地球連邦政府の高官を次々と暗殺していた。ノアは、アムロ・レイとシャア・アズナブルの理念と理想を参考にし、武力抵抗によって道を切り開こうと考えていた。